Matejko sinh ngày 24 tháng 6 năm 1838, tại thành phố tự do Kraków. Cha của ông, Franciszek Ksawery Matejko. (tiếng Séc: František Xaver Matějka) (sinh năm 1789 hoặc 13 tháng 1 năm 1793, đã qua đời ngày 26 tháng 10 năm 1860), là một người Séc từ làng Roudnice, đã tốt nghiệp trường Hradec Králové người sau này đã trở thành một gia sư và giáo viên âm nhạc. Đầu tiên ông làm việc cho gia đình Wodzicki trong Kościelniki, Ba Lan, sau đó chuyển đến Krakow, nơi ông kết hôn với một người mang dòng máu nửa Đức, nửa Ba Lan Joanna Karolina Rossberg (Rozberg). Jan là con thứ chín trong 11 người con của họ[5] Cậu lớn lên trong một tòa nhà kamienica trên phố Floriańska[6].

Sau khi mẹ qua đời vào năm 1845, Jan và anh chị em của mình đã được chăm sóc bởi bà dì, Anna Zamojska[5].